En el siglo III, los terrenos donde hoy está construido el templo, el claustro y el palacio anejo fueron donados por Constantino a Melquiades. Según cuenta la tradición, Cristo se apareció al emperador en sueños y le hizo vencer la batalla de Puente Milvio contra Majencio en el 312. En agradecimiento, cedió la parcela donde había estado la residencia de los Lateranos, una noble familia romana que cayó en desgracia en tiempos de Nerón.
Anexa a la basílica hay un claustro con jardines y arquerías, un baptisterio de planta octogonal, como los de los primeros cristianos, y un palacio que se remonta también a la época imperial. Todo el complejo goza del derecho de extraterritorialidad y está bajo la plena jurisdicción de la Santa Sede.
El palacio lateranense fue residencia oficial de los pontífices hasta Benedicto XI (1303-1304). Actualmente, alberga el Museo Histórico del Estado Pontificio, las oficinas del decanato de Roma y el apartamento del vicario general de la diócesis romana.
Aunque su origen se retrotrae 1.700 años, la basílica que hoy visitan miles de peregrinos es de estilo barroco, obra de una transformación acometida por Francesco Borromini en el siglo XVII. No obstante, los mosaicos del interior, concretamente los del ábside, el ciborio gótico y el pavimento, son de estilo cosmatesco. Este nombre le es dado por el apellido Cosmati, uno de los primeros artesanos que utilizaba el mármol de las antiguas ruinas romanas y los colocaban haciendo formas geométricas.
La fachada está coronada por las estatuas de Cristo en el centro, con los santos juanes, y los apóstoles rodeándole. La portada de la basílica, donde se puede leer la inscripción Christo Salvatori, fue complemente renovada en el siglo XVIII siguiendo el estilo de San Pedro del Vaticano, donde se mudaron los Papas tras volver de Aviñón.
En la nave central, destacan las monumentales esculturas de los doce apóstoles. Bajo el baldaquino y el altar mayor está enterrado el Papa Martín V. Fue durante su pontificado cuando se abrió por primera vez la puerta santa de la basílica.
Según dice la tradición, en el altar mayor de la basílica está colocada la misma losa sobre la que san Pedro y los primeros Papas celebraban misa. Sobre él, en el interior del baldaquino, se conserva un relicario con las cabezas de san Pedro y san Pablo.
Todavía hoy ciertas celebraciones tienen lugar en san Juan de Letrán, y que son presididas por el Papa. Por ejemplo, el Corpus Christi o la misa de la Última Cena cada Jueves Santo.
San Juan de Letrán fue escenario de una tragedia la noche del 27 de julio de 1993, cuando un coche bomba colocado por la mafia italiana explotó en la plaza de la basílica. No hubo víctimas mortales, pero sí 22 heridos. La Ciudad Eterna quedó conmocionada con la violencia contra la Iglesia y el Vaticano. Un ataque así no se producía desde el atentado contra la vida de Juan Pablo II en 1981.
